不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析

• 作者: 全建章 张博 李剑峰 王永芳 袁玺垒 贾小平
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 谷子 光周期 重测序 株高 全基因组关联分析
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 16-23
• 页数: 8页
• 分类号: S565.03
• 字数: 5591字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.201750856

摘要

为揭示控制株高的遗传机理,为开展理想株型标记辅助选择育种奠定基础,在海南、洛阳、吉林3个不同种植区光周期条件下调查了98份谷子材料的株高,并对98份谷子材料进行基因组重测序,开展单核苷酸多态性(SNP)位点标记与株高的全基因组关联分析.结果表明:不同光周期条件下谷子株高的变异在58.5～169.3 cm,广义遗传力为0.501,且随着日照时间的延长,谷子株高呈递增的趋势.基因组重测序获得了4482208个高质量的SNP位点,主成分分析将98份谷子材料分为3个亚群,连锁不平衡(LD)分析发现谷子基因组LD衰减距离为47.5 kb.全基因组关联分析获得10703个与株高关联的SNP位点(P<0.0001),这些位点多在海南种植区短日照条件下检测到,且集中于1号染色体上,只有1号染色体上3个关联SNP位点(SNP13861443、SNP14872616、SNP18601830)能在海南、洛阳2个种植区光周期条件下稳定检测到,说明谷子1号染色体存在海南、洛阳种植区短日照和中日照条件下控制株高的数量性状位点(QTL).在关联SNP位点候选区域发现3个候选基因,推定为成蛋白的基因(LOC101783280)在外显子区检测到一个SNP位点(SNP14876527),推测该基因可能为控制谷子株高的主要候选基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	全建章	河北省农林科学院谷子研究所国家谷子改良中心	6	21	3.0	4.0
2	贾小平	河南科技大学农学院	42	172	8.0	11.0
3	袁玺垒	河南科技大学农学院	11	25	3.0	4.0
4	王永芳	河北省农林科学院谷子研究所国家谷子改良中心	11	133	6.0	11.0
5	李剑峰	河南科技大学农学院	14	19	3.0	4.0
6	张博	河南科技大学农学院	26	87	6.0	8.0