秀珍菇转录组测序和初步分析

• 作者: 宋吉玲 王伟科 袁卫东 闫静 陆娜
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 秀珍菇 菌丝体 子实体 转录组测序 高通量测序技术
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 生物与环境
• 页码范围: 292-299
• 页数: 8页
• 分类号: S646|Q78
• 字数: 7306字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201807003

摘要

[目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础.[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测.[结果]共获得81 693个非重复序列基因(universal gene,UniGene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的UniGene数量为61 306个.NR数据分析显示,秀珍菇已比对的UniGene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的86.1％.同时,对秀珍菇转录组的UniGene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14 315个UniGene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1 683、1 241、1 243和1 372个,表明富集在上述通路中的UniGene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用.通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10 967和10 683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2 102个位点发生A/C颠换.通过查找分析SSR位点发现,共获得7 574个SSR位点,占UniGene总数的比例为9.27％.其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14％,其次为三核苷酸重复类型,为31.94％.[结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闫静		59	82	5.0	6.0
2	袁卫东		66	85	5.0	6.0
3	王伟科		65	134	7.0	9.0
4	陆娜		60	77	5.0	6.0
5	宋吉玲		46	64	4.0	5.0