胃癌组织中环状RNA的差异表达谱分析

• 作者: 丁丹 卢通 敖翔 王元勇 王建勋 王艺霏
• 来源期刊: 精准医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胃肿瘤 RNA 基因表达谱 预测 计算生物学
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 6-10,16
• 页数: 6页
• 分类号: R735.2|R446.7
• 字数: 4122字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13362/j.jpmed.201901002

摘要

目的 探讨环状RNA(circRNA)在胃癌组织及对应癌旁组织中表达谱的变化,分析两者之间的差异,筛选差异表达的circRNA,鉴定并进行功能预测.方法 通过高通量circRNA芯片技术筛选胃癌病人癌组织及对应癌旁组织中circRNA表达谱的差异,经过对原始数据进行预处理 、归一化后,筛选出差异表达的circRNA,并使用实时定量PCR(RT-qPCR)技术对其进行验证和生物信息学预测.结果 芯片检测结果显示,胃癌组织样本与其对应的癌旁组织样本之间存在1042条差异表达的circRNA,其中在肿瘤组织中高表达的有475条,低表达的有567条(变化 ≥2倍且P<0.05).对筛选所得的差异表达circRNA的亲本基因进行生物信息学分析,预测了其潜在的生物学功能.RT-qPCR结果显示在上调最显著的6个circRNA中,只有hsa_circ_0001666在胃癌细胞系和组织中的表达与芯片结果一致.Arraystar自主研发的miRNA靶标预测软件显示,hsa_circ_000166可能通过结合hsa-miR-450a-1-3p、hsa-miR-661、hsa-miR-493-5p、hsa-miR-208a-5p和hsa-miR-612发挥其miRNA"海绵"的功能.结论 胃癌组织与对应癌旁组织比较,circRNA表达谱发生了显著变化,这些差异表达的circRNA可能与胃癌的发生发展密切相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王建勋	青岛大学基础医学院	6	11	2.0	3.0
5	卢通	青岛大学附属医院胸外科	2	1	1.0	1.0
6	王元勇	青岛大学附属医院胸外科	2	1	1.0	1.0
7	王艺霏	青岛大学基础医学院	2	1	1.0	1.0
11	敖翔	青岛大学转化医学研究院	1	1	1.0	1.0
12	丁丹	青岛大学基础医学院	1	1	1.0	1.0