基于基因表达谱预测肿瘤浸润免疫细胞类型及比例 的解卷积算法

• 作者: 佘玉梅 余彩裙 裴晶晶
• 来源期刊: 云南民族大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 浸润性免疫细胞 反卷积 基因表达谱 标签矩阵
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 信息与计算机科学
• 页码范围: 371-376
• 页数: 6页
• 分类号: Q812|TP183
• 字数: 4073字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-8513.2019.04.011

摘要

肿瘤浸润免疫细胞通过发挥促肿瘤和抗肿瘤的作用,可以深刻地影响肿瘤的进展以及抗癌治疗的成功.因此,对于肿瘤浸润免疫细胞的量化有望揭示免疫系统在人类癌症中的多方面作用及其参与肿瘤逃逸机制和对治疗的反应.解卷积的目的就是试图在复杂组织里存在的免疫细胞中寻找新的免疫疗法,其核心思想是利用算法和免疫细胞的表达特征,从细胞混合物的表达数据中量化免疫细胞比例信息,以准确刻画肿瘤样本测序数据的免疫浸润情况.为此,提出了一个新的基于逐步回归策略的解卷积算法模型,并使用真实的肿瘤样本微阵列数据和RNA-Seq测序数据来测试该算法的准确性.与CIBERSORT和dtangle相比较,具有良好的解卷积性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	佘玉梅	云南民族大学数学与计算机科学学院	26	103	5.0	8.0
2	裴晶晶	云南民族大学数学与计算机科学学院	4	2	1.0	1.0
3	余彩裙	云南民族大学数学与计算机科学学院	4	0	0.0	0.0