基于高通量RNA转录组测序技术分析特应性皮炎患者皮损与非皮损组织差异表达基因

• 作者: 何素玲 刘玉梅 张锡宝 梁景耀 潘清丽 王建琴 邵蕾 陈丽洁
• 来源期刊: 中华皮肤科杂志
• 关键词: 皮炎,特应性 转录组 序列比对 白细胞介素17 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 729-735
• 页数: 7页
• 字数: 4591字
• 语种: 中文
• DOI: 10.35541/cjd.20190001

摘要

目的 探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用.方法 2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代高通量RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释及KEGG通路分析.实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证候选基因在皮损和非皮损组织中的表达差异.结果 10个样品测序平均获得10.96 Gb数据,共检测到21729条基因,其中19268条为已知基因,2545条为预测的新基因;共检测出23153个新转录本,其中18889个属于已知蛋白编码基因新的可变剪接亚型,2545个属于新的蛋白编码基因的转录本,其他1719个属于长链非编码RNA.78条基因在皮损和非皮损中表达差异有统计学意义,其中67条在皮损中高表达,11条低表达,包括已知与AD炎症(CXCL1/2/8、IL6/IL1β、MMP1、SERPINB4、S100A2、GZMB、OASL、OSM)、屏障(KRT16、FABP5、CYP1A1)、角质形成细胞分化(IL-20)等相关的基因.GO分析显示,72条差异基因获得功能注释.KEGG通路分析表明,差异表达基因共富集到132条信号通路中,其中13条通路显著富集,包括白细胞介素17通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等.qRT-PCR结果显示,候选基因CXCL1、KRT6A、IL36A、SERPINB4和PSAPL1的mRNA表达与转录组测序结果趋势一致.结论 本研究在转录组水平上筛选出AD患者皮损和非皮损组织差异表达基因及相关重要调节信号通路,发现汉族AD患者白细胞介素17通路最为富集,为深入探讨AD发病机制提供重要的基础.