不同温度条件下鲁氏耶尔森氏菌的链特异性转录组分析

• 作者: 何晟毓 刘家星 刘韬 杨倩 杨马 汪开毓 谢恒 魏文燕
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鲁氏耶尔森氏菌 转录组测序 差异分析 KEGG 鞭毛基因簇
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 页码范围: 969-976
• 页数: 8页
• 分类号: S941.41
• 字数: 6497字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2019.115

摘要

为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后,筛选得到差异表达基因,通过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析,并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证.结果显示,共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括58个上调基因,主要富集到一些特殊的碳水化合物代谢相关的通路中;以及115个下调基因,主要富集到双组份信号系统中与三羧酸循环相关的代谢通路上,同时部分基因富集到编码鞭毛素相关的基因簇中.结果表明,相对于37℃的实验室培养温度,在水生环境的生理温度条件下(28℃)SC09菌株拥有较高的运动性和较强的葡萄糖代谢,但相对的SC09菌株代谢一些特殊糖类的能力减弱.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨倩	四川农业大学鱼病研究中心	17	28	2.0	5.0
2	刘家星		17	3	1.0	1.0
3	魏文燕		25	18	3.0	3.0
4	杨马		15	22	3.0	4.0
5	刘韬	四川农业大学鱼病研究中心	21	22	2.0	4.0
9	谢恒	四川农业大学鱼病研究中心	6	2	1.0	1.0
10	何晟毓	四川农业大学鱼病研究中心	4	1	1.0	1.0