基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴 粪便微生物多样性

• 作者: 刘超 吕龙宝 张晓迪 张飞燕 王芸 谢丽分 邬继文 金洁
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 普通棉耳狨猴 粪便 高通量测序 物种组成 优势菌群
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 366-373
• 页数: 8页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 4857字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2019.03.015

摘要

目的 应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础.方法 采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16S rRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究.结果 共测序获得315511条有效序列与596个OTU.普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU.其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52％ 和25.39％2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5％和17％.3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01％和20.52％.4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14％和11.33％.5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33％11.12％.6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有.7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲.这10个种占到33.16％,其他53种总和仅占到0.74％,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究.8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高.结论 应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘超	中国科学院昆明动物研究所	128	874	18.0	25.0
2	王芸	中国科学院昆明动物研究所	19	125	5.0	11.0
3	吕龙宝	中国科学院昆明动物研究所	37	95	5.0	9.0
7	张飞燕	中国科学院昆明动物研究所	10	12	2.0	3.0
8	金洁	中国科学院昆明动物研究所	10	13	2.0	3.0
9	邬继文	中国科学院昆明动物研究所	11	9	1.0	2.0
10	谢丽分	中国科学院昆明动物研究所	4	2	1.0	1.0
11	张晓迪	中国科学院昆明动物研究所	6	2	1.0	1.0