牡蛎诺如病毒多样性研究中病毒富集方法的评估

• 作者: 喻勇新 潘迎捷 郭萍
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 诺如病毒 牡蛎 直接提取法 多样性研究
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 104-107
• 页数: 4页
• 分类号: S963
• 字数: 3683字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2019.03.104

摘要

牡蛎作为诺如病毒的载体,含有几乎所有的GI型和大部分GII型诺如病毒.为了有利于牡蛎中诺如病毒多样性的研究,对4种常用于宏基因组测序中病毒富集方法(PEG6000沉淀法、超速离心法、过滤法和直接提取法)进行比较评估,将含有GII.4型诺如病毒基因的慢病毒(Lentivirus)加入阴性牡蛎中作为内参,利用反转录荧光定量PCR计算4种方法处理前后Lentivirus的数量,以回收率作为方法评估的指标,并以16S PCR来验证处理后微生物污染情况.重复本实验得到的两次结果均显示这4种方法回收率无明显差异,直接提取法回收率相对较高,但同时也具有较为严重的微生物污染.综合考虑其仍显示较好的优越性,因此直接提取方法更适用于后期牡蛎诺如病毒多样性研究中RNA的提取.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘迎捷	上海海洋大学食品学院	111	1207	20.0	28.0
5	郭萍	上海海洋大学食品学院	1	0	0.0	0.0
6	喻勇新	上海海洋大学食品学院	6	58	4.0	6.0