生物信息学在三阴性乳腺癌mi RNA生物标志物筛选中的应用

• 作者: 任立群 张祎冰 王亚帝 谭琦 谷泽慧 陈素贤 黄鹏
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: miR-21-5p 乳腺肿瘤 三阴性乳腺癌 生物信息学 靶基因
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 1098-1105,前插5
• 页数: 9页
• 分类号: R737.9
• 字数: 4717字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20190522

摘要

目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点.方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能.结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在T NBC细胞系中表达水平明显升高,在26种T NBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70000,TNBC患者经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子 β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展.结论:miR-21-5p在T NBC组织中表达上调,在T NBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定T NBC相关预后程度的关键生物学标志物.DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展.