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摘要:
旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因.本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释.结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异.ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均FROH的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊).引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均FROH明显高于地方品种.在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均FROH.在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FA IM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9.基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因.
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文献信息
篇名 绵羊全基因组ROH检测及候选基因鉴定
来源期刊 畜牧兽医学报 学科 农学
关键词 长纯合片段 基因组近交系数 高频ROH区域 候选基因 绵羊
年,卷(期) 2019,(8) 所属期刊栏目 遗传育种
研究方向 页码范围 1554-1566
页数 13页 分类号 S826.2
字数 6911字 语种 中文
DOI 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.08.004
五维指标
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研究主题发展历程
节点文献
长纯合片段
基因组近交系数
高频ROH区域
候选基因
绵羊
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
畜牧兽医学报
月刊
0366-6964
11-1985/S
大16开
北京海淀区圆明园西路2号
82-453
1956
chi
出版文献量(篇)
5501
总下载数(次)
6
总被引数(次)
62883
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
论文1v1指导