肥胖大鼠经Roux-en-Y胃旁路术减重后脂肪组织差异基因表达的生物信息学分析

• 作者: 左琳 曹济民 王德平 申晶 苗俊秋 高丽娟
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: GEO数据库 生物信息学 肥胖 胃旁路术
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 433-438
• 页数: 6页
• 分类号: R589.2
• 字数: 2954字
• 语种: 中文

摘要

目的 通过对肥胖相关基因芯片进行生物信息学分析, 探讨肥胖治疗的新靶点.方法 从基因表达数据库 (GEO) 下载Roux-en-Y减重手术 (RYGB) 前后肥胖Sprague-Dawley (SD) 大鼠脂肪组织相关基因表达谱数据GSE8314, 利用R语言筛选差异基因, 利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGG pathway富集分析, 利用STRING在线工具进行PPI网络构建.结果 共筛选出890个RYGB术前后SD大鼠脂肪组织差异表达基因, 其中上调基因386个, 下调基因504个.GO分析发现, 这些差异基因主要参与25个生物学过程, 3个分子功能, 12个细胞组分.KEGG pathway富集分析发现这些差异基因主要涉及蛋白质消化吸收 (rno04974) 、细胞色素P450对异生素的代谢 (rno00980) 、药物代谢-细胞色素P450 (rno00982) 、花生四烯酸代谢 (rno00590) 、脂肪细胞因子信号通路 (rno04920) 等.利用STRING在线工具分析发现, 这些差异基因编码的蛋白存在相互作用.Bdkrb1, Ccl6, Pf4为蛋白-蛋白相互作用网络中的核心节点.结论 通过对GSE8314芯片数据进行挖掘发现, RYGB术后SD大鼠脂肪组织的基因表达有明显差异, 并筛选出肥胖密切相关的基因Bdkrb1、PF4, 后者有可能成为肥胖的药理学治疗靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	左琳	山西医科大学生理学系	12	43	5.0	6.0
3	曹济民	山西医科大学生理学系	3	1	1.0	1.0
5	申晶	山西医科大学生理学系	2	1	1.0	1.0
9	苗俊秋	山西医科大学药学院药物化学教研室	2	5	1.0	2.0
10	高丽娟	山西医科大学生理学系	5	5	2.0	2.0
14	王德平	山西医科大学生理学系	1	1	1.0	1.0