基于公共基因芯片的多农药代谢相关的拟南芥UGT基因挖掘

• 作者: 吴凡 尹恒 贾晓晨 赵小明
• 来源期刊: 西北农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: UGT 拟南芥 生物信息学分析 农药代谢
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 页码范围: 125-131
• 页数: 7页
• 分类号: Q55
• 字数: 4266字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1004-1389.2019.01.015

摘要

糖基转移酶1家族,也称尿苷二磷酸糖基转移酶(Uridine diphosphate glycosyltransferase,UGT),是植物解毒系统中最重要的多基因家族之一.该研究基于公共基因芯片数据对拟南芥(Arabidopsis thaliana)的106个UGT基因进行生物信息学分析,期望找到参与广谱农药代谢的UGT靶标.从NCBI数据库收集并重注释关于农药和除草剂安全剂处理的基因芯片数据,差异表达分析和聚类分析表明8个UGT在绝大部分农药处理中均显著转录上调,是重要候选基因.基因本体论(Gene ontology,GO)富集分析表明,候选UGT的共表达基因富集于植物4相代谢解毒过程,暗示这些UGT基因的广谱解毒能力.最后以候选UGT基因及其共表达基因构建共表达网络,发现网络中的桥接节点也参与了植物解毒过程,表明UGT76B4和UGT76B5是最关键的参与多种农药代谢的UGT基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵小明	中国科学院大连化学物理研究所辽宁省碳水化合物研究重点实验室	62	1138	21.0	31.0
2	吴凡	中国科学院大连化学物理研究所辽宁省碳水化合物研究重点实验室	19	138	7.0	11.0
6	尹恒	中国科学院大连化学物理研究所辽宁省碳水化合物研究重点实验室	20	129	6.0	11.0
7	贾晓晨	中国科学院大连化学物理研究所辽宁省碳水化合物研究重点实验室	2	0	0.0	0.0