禾谷镰刀菌全基因组候选效应因子预测与分析

• 作者: 张悦 徐志雄 施维 李丹 陈子牛
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 禾谷镰刀菌 全基因组 候选效应因子 转座子 生物信息学 致病机制 进化历程
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 81-84
• 页数: 4页
• 分类号: S432.1
• 字数: 4110字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.06.018

摘要

本研究根据已公布的禾谷镰刀菌的全基因组信息,以其全基因组蛋白序列为试验材料,通过生物信息学方法,对其候选效应分子及其功能进行预测和分析.首先利用SignalP、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor、TargetP等程序依次预测出其分泌类型的蛋白,再通过其序列大小和半胱氨酸的含量作进一步筛选,最后利用Blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对,找出数据库中没有蛋白同源性的序列,从而获得候选效应分子.最终对禾谷镰刀菌全基因组的14038个蛋白序列进行分析,预测了126个符合条件的候选效应分子.本研究通过LTR-FINDER程序对禾谷镰刀菌全基因组内的转座子进行分析,但未发现转座子存在,值得进一步分析研究.本研究采用生物信息学分析方法预测出了禾谷镰刀菌的候选效应分子并查找其基因组内转座子情况,可为进一步研究这些效应分子的功能,了解禾谷镰刀菌进化奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈子牛	昆明学院生命科学与技术系	20	52	4.0	6.0
2	张悦	昆明学院生命科学与技术系	7	20	3.0	4.0
3	李丹		3	6	2.0	2.0
4	徐志雄	昆明学院生命科学与技术系	1	0	0.0	0.0