猪HMGA1基因的组织表达及其多态性与背膘厚的关联分析

• 作者: 刘欣 刘运鹏 孙金海 岳静伟 巩建飞 王立贤 赵玲玲
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 HMGA1基因 组织表达 SNP 背膘厚
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1340-1346
• 页数: 7页
• 分类号: S828.2
• 字数: 4875字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.07.003

摘要

旨在探究HMGA1基因在猪不同组织、不同日龄下不同品种中的表达谱,并对该基因编码区及3'UTR区的多态性与猪背膘厚进行关联分析.本研究利用实时荧光定量PCR检测大白猪HMGA1基因在7种组织的表达情况,及其在60、150和210日龄大白猪和民猪背部脂肪中的差异表达.对576头大白猪×民猪F2代资源群体的基因组DNA重测序进行HMGA1序列分析,筛选其编码区及3'UTR区SNPs,并以屠宰体重为协变量与背膘厚(第6～7肋)进行关联分析.结果 表明,HMGA1 mRNA在大白猪不同组织中均有表达,且在组织间存在显著差异(P＜0.05),其中在肺中的表达量最高,而在心和肌肉中微量表达.在60和150日龄时,HMGA1基因在民猪背部脂肪中的表达量显著高于大白猪(P＜0.05);210日龄时在两个猪种中的表达差异不显著(P＞0.05).通过对F2群体HMGA1序列分析,在编码区检测出13个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中包含2个错义突变位点:g.3261G＞A和g.5818G＞A,且g.3261G＞A位点与背膘厚显著关联(P＜0.05).在3'UTR区检测到3个SNPs,且位于小RNA(microRNA,miRNA)结合靶点,其中g.7217G＞C和g.7280T＞C与背膘厚显著关联(P＜0.05).研究结果表明,HMGA1作用于猪背部脂肪组织,且该基因g.3261G＞A、g.7217G＞C和g.7280T＞C位点可作为猪背膘厚选育的潜在分子标记,为猪的分子育种奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙金海	青岛农业大学动物科技学院	40	112	6.0	8.0
2	王立贤	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	90	755	17.0	24.0
3	刘欣	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	20	125	6.0	11.0
4	赵玲玲	青岛农业大学动物科技学院	4	4	1.0	2.0
5	巩建飞	青岛农业大学动物科技学院	3	4	1.0	2.0
6	岳静伟	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	1	1	1.0	1.0
7	刘运鹏	青岛农业大学动物科技学院	1	1	1.0	1.0