基于基因表达数据库筛选膀胱癌中差异表达的环状RNA

• 作者: 吴文婧 庞欢 申涛 赵华 赵车冬 陈葳
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 环状RNA 膀胱癌 circ-SOGA1 微小RNA 调控网络
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 肿瘤研究
• 页码范围: 1235-1239
• 页数: 5页
• 分类号: R737.14
• 字数: 2356字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2019.09.010

摘要

目的 探讨膀胱癌中差异表达的环状RNA(circRNA)及其相互作用网络.方法 下载基因表达数据库(GEO)中的膀胱癌circRNA表达谱数据集GSE92675的数据,利用生物信息学方法分析差异表达的circRNA以及互作微小RNA(microRNA,miRNA)网络.利用FunRich软件预测互作miRNA的靶基因,并作基因本体论(GO)生物学通路富集分析.结果 从芯片数据中筛选出3423个差异表达的circRNA,在表达差异3倍以上的153个circRNA中,114个表达上调,39个表达下调.对其中表达上调的环状RNA,circRNA-SOGA1,的互作miRNA预测结果提示,与circRNA-SOGA1相互作用的miRNA有103个,这些miRNA的预测靶基因的GO富集分析结果显示这些miRNA的靶基因主要参与蛋白多糖介导的信号通路、ErbB受体信号通路、VEGF和VEGFR信号通路等多条信号通路.结论 本研究构建了膀胱癌相关circRNA的互作网络,为揭示膀胱癌发生发展的分子机制提供一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈葳	西安交通大学第一附属医院检验科	135	538	11.0	15.0
2	赵车冬	西安交通大学第一附属医院检验科	4	14	1.0	3.0
3	吴文婧	西安交通大学第一附属医院检验科	12	36	4.0	6.0
4	庞欢	西安交通大学第一附属医院检验科	4	1	1.0	1.0
5	赵华	西安交通大学第一附属医院检验科	8	70	3.0	8.0
6	申涛	西安交通大学第一附属医院检验科	2	1	1.0	1.0