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南方农业学报期刊
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猪基因表达调控数据库(GereDB)的构建
猪基因表达调控数据库(GereDB)的构建
作者:
余平
姚敏
石博妹
黄廷华
原文服务方:
南方农业学报
猪
基因表达
调控因子
GereDB数据库
摘要:
[目的]构建猪基因表达调控数据库(GereDB),为从基因水平解释猪的生长发育规律、遗传育种和疾病防控等提供科学依据.[方法]从NCBI下载小鼠和猪的RNA序列原始数据进行序列比对,根据序列同源性将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,并建立猪基因表达调控信息网络,整理加工后根据区域结构,以Linux为操作系统、Apache为Web服务器、MySQL为数据库、Python为服务器端脚本解释器构建猪GereDB数据库.[结果]从NCBI下载的Fast数据共包含291182条猪核苷酸序列,通过序列比对和手工整理,注释筛选出67000多条猪核苷酸序列;将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,获得的猪基因表达调控关系链接有67027条,构建了猪GereDB数据库(http://www.thua45.cn/ge-redb-wp/),并开发GEREA生物信息学分析工具以发现猪基因表达调控因子.在猪GereDB数据库中有116个调控因子可调控100多个基因,说明其在猪转录组调控中发挥重要作用.GEREA生物信息学分析工具在已发表的猪乳腺组织数据集上进行测试,结果显示,与母猪分娩前14 d相比,分娩后1 d母猪乳腺中26个调控因子的靶基因显著差异表达(FDR<0.05),其中FGF2调控因子在母猪泌乳方面发挥重要作用.[结论]猪GereDB数据库能提供猪基因表达和调控间关系的信息,且能使用GEREA生物信息学分析工具发掘猪基因表达调控数据,有助于揭示调控因子对高通量测序差异表达基因的调控机制,为从基因水平探究猪的生长发育及疾病防控提供数据信息.
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文献信息
篇名
猪基因表达调控数据库(GereDB)的构建
来源期刊
南方农业学报
学科
关键词
猪
基因表达
调控因子
GereDB数据库
年,卷(期)
2020,(4)
所属期刊栏目
畜牧·兽医·水产·蚕桑
研究方向
页码范围
929-936
页数
8页
分类号
S828
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.2095-1191.2020.04.025
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
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G指数
1
黄廷华
长江大学动物科学学院
5
4
1.0
1.0
2
姚敏
长江大学动物科学学院
4
4
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1.0
3
石博妹
长江大学动物科学学院
4
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余平
长江大学动物科学学院
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研究主题发展历程
节点文献
猪
基因表达
调控因子
GereDB数据库
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
南方农业学报
主办单位:
广西壮族自治区农业科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
2095-1191
CN:
45-1381/S
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1964-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
7026
总下载数(次)
0
总被引数(次)
43586
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