干酪乳杆菌CRISPR基因座分析

• 作者: Obaroakpo JOY 吕加平 李伟勋 杨兰 杨洋 逄晓阳
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 干酪乳杆菌 CRISPR系统 spacer Cas PAM
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 食品科学与工程
• 页码范围: 521-529
• 页数: 9页
• 字数: 6495字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2019.03.012

摘要

[目的]目前基于酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)spCas9为核心的CRISPR/Cas9基因编辑系统在乳酸菌上的应用受到很多限制,亟待开发适合于乳酸菌的基因编辑系统.对6株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)的CRISPR系统进行深入分析,并预测激活干酪乳杆菌自身Cas9蛋白所识别的PAM序列,为开发适用于乳酸菌的CRISPR/1cCas9基因编辑系统奠定基础.[方法]以已完成全基因组测序的6株干酪乳杆菌为研究对象,利用生物信息学方法对其CRISPR系统进行深入分析,重点对不同菌株的CRISPR系统结构进行解析,并且对Cas蛋白以及spacer的同源性进行分析,最后对CRISPR区重复序列的二级结构以及Cas9蛋白识别的PAM序列进行预测.[结果]6株干酪乳杆菌CRISPR系统具有相似的结构,均具有特征性的Cas9蛋白,并且Cas基因序列保守.预测到tracrRNA位于Cas9和Cas1之间,重复序列可以形成茎部长达7个碱基的二级结构.根据CRISPR的间隔区序列,6株干酪乳杆菌可被分为3个基因型,将间隔区逐一进行blast比对,结果表明6个间隔区比对上14个来源不同的原间隔序列,这些间隔序列均来源于不同质粒.干酪乳杆菌IcCas9蛋白识别PAM序列的1、3位碱基偏好T/C、A/C,2、4位碱基对G、A的偏好性比较大.[结论]6株干酪乳杆菌CRISPR系统均为type-II A型,Cas序列和重复序列高度保守.DR序列可以形成稳定的二级结构,TGMA为干酪乳杆菌Cas9蛋白高效识别的PAM序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕加平	中国农业科学院农产品加工研究所	97	609	13.0	19.0
2	逄晓阳	中国农业科学院农产品加工研究所	29	65	4.0	6.0
3	杨洋	中国农业科学院农产品加工研究所	17	170	6.0	13.0
4	杨兰	中国农业科学院农产品加工研究所	3	1	1.0	1.0
5	李伟勋	中国农业科学院农产品加工研究所	2	1	1.0	1.0
6	Obaroakpo JOY	中国农业科学院农产品加工研究所	1	1	1.0	1.0