改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点

• 作者: 汤亚东 谢鹭 陈兰明
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质棕榈酰化位点 k-spaced氨基酸对组分 位置特异性得分矩阵 支持向量机 递归特征消除
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 模式识别与人工智能
• 页码范围: 143-148
• 页数: 6页
• 分类号: TP181
• 字数: 3991字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.1710-0297

摘要

蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用.构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型(PSSM-CKSAAP-RFE).采用蕴含进化信息的k-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列,通过递归特征消除法进行特征选择;基于上述特征训练支持向量机分类器,并采用夹克刀交叉验证法测试模型性能.研究结果显示,训练集和独立测试集的预测准确率、马修斯相关系数、特异性、敏感性和受试者工作特征曲线下面积分别为98.44%、0.94、98.95%、95.65%和0.990,以及98.41%、0.93、99.39%、92.31%和0.994,优于文献中报道的相关方法,为蛋白质棕榈酰化位点的预测提供了一种新模型.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢鹭		4	15	2.0	3.0
2	陈兰明	上海海洋大学食品科学与技术学院	8	58	3.0	7.0
3	汤亚东	上海海洋大学食品科学与技术学院	1	6	1.0	1.0