预测蛋白质相互作用位点的计算方法研究(一)

• 作者: 姜勇 李志杰 李永勤 王胜军 邓亲恺
• 来源期刊: 中国医学物理学杂志
• 关键词: 蛋白质 相互作用位点 预测 计算方法
• 年，卷（期）: 2006,（5）
• 所属期刊栏目: 医学生物物理
• 页码范围: 345-350
• 页数: 6页
• 分类号: Q512
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-202X.2006.05.009

摘要

许多重要的细胞过程如信号转导、转运、细胞运动以及多数调节机制均由蛋白-蛋白之间的相互作用介导,蛋白质之间的相互作用在物理上是通过在两个相互作用蛋白之间形成接触面的短残基序列来实现.识别蛋白-蛋白相互作用位点,以及检测相互作用氨基酸残基之间的特异性与强度特异性,是一个具有重要应用前景的课题,它的应用范围从理性的药物设计到代谢和信号转导网络的分析.虽然有不少准确度不断提高的实验技术和计算方法来检测蛋白质之间的相互作用,但很少有方法能够精确地指出参与蛋白质相互作用的特定残基及其位置,而这些信息是将相互作用数据直接应用于药物开发所必需的.随着生物信息学和计算生物学的发展,通过研究已知蛋白-蛋白相互作用位点的这些不同特征,出现了一些利用序列与结构信息预测蛋白-蛋白相互作用位点的计算方法.本文简要介绍了近年来在预测蛋白-蛋白的相互作用位点方面取得一定进展的计算方法,包括基于基因组信息的计算方法、基于蛋白质初级序列的计算方法以及基于蛋白复合物结构信息的计算方法.虽然这些方法在过去几年里取得了显著的进展,但是大多数在这方面的研究仍处于起步阶段,而现在数据库的不足和实验技术的缺陷对计算预测方法的进一步发展和公平性评价也存在着较大的影响,要提高蛋白-蛋白相互作用位点预测的鲁棒性与可靠性,仍要有很多的工作要做.(发表在这里的是第一部分)

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姜勇	南方医科大学基础医学院病理生理系	72	377	8.0	17.0
2	邓亲恺	南方医科大学生物医院工程学院医学物理系	50	552	12.0	22.0
3	王胜军	南方医科大学生物医院工程学院医学物理系	20	62	4.0	7.0
4	李志杰	南方医科大学基础医学院病理生理系	5	35	3.0	5.0
5	李永勤	南方医科大学生物医院工程学院医学物理系	3	17	2.0	3.0