COPD相关差异表达基因筛选、生物学功能分析及其编码蛋白互作网络分析

• 作者: 刘兆宇 姚文霞 易高 曾子成 李明 林海 胡腊
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 慢性阻塞性肺病 生物信息学 差异表达基因 蛋白互作网络
• 年，卷（期）: 2019,（30）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 13-16
• 页数: 4页
• 分类号: R563.9
• 字数: 3102字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.30.004

摘要

目的 分析慢性阻塞性肺病(COPD)患者肺组织中差异表达基因及其编码蛋白的互作关系,筛选出COPD相关的关键基因.方法 从NCBI公共数据平台GEO数据库下载COPD表达谱数据集GSE57148,采用R软件及其扩展包对表达谱数据进行处理和分析,获得差异表达基因,并通过STRING、Cytoscape等对差异表达基因进行生物学功能分析及编码蛋白互作分析.结果 一共获得117个基因为差异表达基因,其中发生上调的基因有63个,发生下调的基因有54个;信号通路分析发现这些基因主要富集于细胞外基质形成、胶原纤维化形成和氧化激活通路等.蛋白网络互作分析发现VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1、F13A1为差异表达基因中的Hub基因.结论 COPD肺组织中共有117个基因差异性表达,上调表达基因63个,下调基因54个;这些差异性表达基因主要参与细胞外基质改变、纤维化和氧化还原活性等信号通路;VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1和F13A1为Hub基因,可能在COPD的疾病进程中发挥了关键作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘兆宇		11	17	2.0	3.0
2	胡腊		5	2	1.0	1.0
3	曾子成		4	1	1.0	1.0
4	林海		5	2	1.0	1.0
5	李明		4	5	2.0	2.0
6	易高		15	47	4.0	6.0
7	姚文霞		6	3	1.0	1.0