肝癌相关差异表达基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

• 作者: 余乐 曹丹 王丽春
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 关键词: 生物信息学分析 肝癌 差异基因表达 功能富集
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 899-903
• 页数: 5页
• 语种: 中文

摘要

目的 建立生物信息学分析筛选肝癌基因芯片差异表达基因的方法,助力肝癌发病分子机制的研究.方法 通过R语言软件分析肝癌芯片数据GSE45436中肝癌组织和癌旁组织差异表达的基因,DAVID软件对差异表达基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,String和Cytoscape软件分析关键基因和模块.结果 共筛选出375个差异表达明显的基因,其中表达上调和下调的分别有99个和296个.差异基因功能分析主要涉及细胞周期、p53信号通路、补体途径、细胞色素P450代谢通路等.蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络显示拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)可能与肝癌的发生发展最为相关.结论 本研究采用基因芯片结合生物信息学方法,构建了肝癌差异表达基因编码的蛋白互作网络.TOP2A可能是肝癌相关的核心基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王丽春	四川大学华西医院感染性疾病中心	65	367	8.0	18.0
2	曹丹	四川大学华西医院感染性疾病中心	28	105	5.0	9.0
3	余乐	四川大学华西医院感染性疾病中心	8	22	2.0	4.0