猪德尔塔冠状病毒变异株CHN-GX01-2018株全基因序列分析

• 作者: 孙文超 尹彦文 张世亨 施开创 曹亮 汪伟 郑敏 金宁一 鲁会军 黄海鑫
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪德尔塔冠状病毒 全基因组序列 遗传变异
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 483-490
• 页数: 8页
• 分类号: S852.65
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.03.07

摘要

为了解广西PDCoV流行毒株在猪群中的感染和流行特点,用设计的25对特异性引物从腹泻样本中检测获得1株PDCoV全基因组序列.结果 显示,CHN-GX01-2018株基因组全长25 406 bp,与美国毒株比较存在3处基因缺失,分别位于ORF1a/1b第400～403aa、第756～759aa位置及S基因存在1个氨基酸的缺失.全基因组与S基因遗传进化分析结果显示,CHN-GX01-2018与代表株CHN-AH-2004(安徽株)同源性为97.4％.然而,同源性分析显示中国PDCoV株也存在不同的进化分支,表明PDCoV在中国猪群中不断进化.