猪δ冠状病毒西安株M基因序列的信息分析

• 作者: 倪思璐 刘晨熙 张新月 张淼涛 张煜琛 管雄 赵永聪 陈德坤
• 来源期刊: 动物医学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 猪δ冠状病毒 M基因 序列分析
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 41-45
• 页数: 5页
• 分类号: S852.659.6
• 字数: 3520字
• 语种: 中文

摘要

为研究猪δ冠状病毒(PDCoV)西安株M基因的遗传特征,以分离并鉴定的PDCoV西安株(CHN-XA18-35株)为材料,根据GenBank中已发表的PDCoV M基因保守序列设计引物,经RT-PCR扩增PDCoV西安株M全基因序列并测序,应用生物信息学方法对M基因进行分析.结果显示,CHN-XA18-35株M基因序列与其他地区PDCoV参考株的核苷酸同源性为98.47％～99.54％,推导的氨基酸序列同源性为97.24％～99.08％;CHN-XA18-35株与其他地区PDCoV参考株相比,M蛋白第189位氨基酸由异亮氨酸(IIe)突变为精氨酸(Arg);CHN-XA18-35株M蛋白的10-27、34-56、66-87位氨基酸属于跨膜区;跨膜区氨基酸多为疏水性氨基酸,且存在α-螺旋;潜在的B细胞抗原表位位于M蛋白的102-107 aa(LSPESR)、149-158 aa(NGISVRNPPQ)、200-209 aa(LHTITTSKAG).结果表明,CHN-XA18-35株M蛋白第189位氨基酸发生了突变,其B细胞抗原表位与其他PDCoV株相比未发生改变.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张淼涛	西北农林科技大学动物医学院	41	316	10.0	17.0
2	陈德坤	西北农林科技大学动物医学院	100	613	13.0	20.0
3	张新月	西北农林科技大学动物医学院	3	0	0.0	0.0
4	刘晨熙	西北农林科技大学动物医学院	2	0	0.0	0.0
5	倪思璐	西北农林科技大学动物医学院	2	0	0.0	0.0
6	管雄	西北农林科技大学动物医学院	2	0	0.0	0.0
7	张煜琛		2	0	0.0	0.0
8	赵永聪	西北农林科技大学动物医学院	1	0	0.0	0.0