基于5'UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病肠道病毒

• 作者: 吴矛矛 孙宝昌 王建 邵永强 郑文力 钭慧芬
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒(EV) 手足口病(HFMD) 5'UTR-VP4-VP2 分型 测序
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 手足口病相关病毒研究专题论著
• 页码范围: 770-777
• 页数: 8页
• 分类号: R512.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003732

摘要

目前肠道病毒(Enterovirus,EV)分子分型主要基于VP1区,此区不仅可以分型还能区分亚型,但不同型别的肠道病毒在VP1区的核苷酸变异很大,需要使用多对引物或高简并度的简并引物进行巢式PCR才能定型,实验过程繁琐.本研究发现肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区两端序列高度保守能利用通用引物进行扩增、中间序列差异大于10％能区分不同型别.本研究建立并验证5'UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)临床标本中肠道病毒的方法.根据ICTV公布的人肠道病毒104个型别的核苷酸全序列,在肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区设计引物(EV543F/EV1197R).收集702份肠道病毒核酸检测阳性的手足口病临床标本,用EV543F/EV1197R引物扩增5'UTR-VP4-VP2区基因并测序,BLAST比对定型;对407份标本同时进行RT-PCR分型检测.在702份标本中鉴定出15个型别679份肠道病毒,阳性率为96.7％;407份RT-PCR分型结果和本法比较,结果显示EV-A71、CV-A16和CV-A10两法一致性很好(Kappa值0.966～0.970),本法CV-A6阳性率(38.82％)优于RT-PCR分型(34.40％),Mcnemar卡方P值=0.003.肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区测序法具有较好的敏感性和简便、快速的特点,可用于手足口病肠道病毒感染的实验室诊断和相关研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王建		13	41	2.0	6.0
2	邵永强		27	126	7.0	9.0
3	钭慧芬		5	15	2.0	3.0
4	郑文力		3	0	0.0	0.0
5	孙宝昌		4	12	2.0	3.0
6	吴矛矛		1	0	0.0	0.0