基于序列宏基因组学技术的土壤Ⅱ型聚酮合酶KSα基因的挖掘

• 作者: 冯治洋 计青青
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 宏基因组学 序列筛选 Ⅱ型聚酮合酶 系统发生树
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 食品与工程
• 页码范围: 356-363
• 页数: 8页
• 分类号: Q786
• 字数: 6345字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201903058

摘要

[目的]本文旨在挖掘土壤微生物宏基因组(environmental DNA,eDNA)中的Ⅱ型聚酮化合物酮基合成酶基因(ketosynthase alpha,KSα),并依据获得的KSα 基因与化合物结构的关系初步预测其所在基因簇可能合成的Ⅱ型聚酮化合物种类.[方法]利用Ⅱ型聚酮合酶基因KSα 保守区域设计简并引物筛选珠穆朗玛峰及峨眉山土壤宏基因组文库,对筛选得到的KSα 基因片段进行测序,并与已知Ⅱ型聚酮化合物KSα 基因、孢子色素基因的氨基酸序列用邻接法构建系统发生树,以大肠杆菌的fabB基因作为系统发生树的外群.[结果]总共筛选得到28个珠峰文库来源的KSα 基因,11个峨眉山文库来源的KSα 基因.将这些KSα 基因的氨基酸序列与34种编码已知Ⅱ型聚酮化合物KSα 基因和5种聚酮化合物孢子色素KSα 基因的氨基酸序列构建系统发生树,结果显示许多eDNA来源的KSα 基因与已知聚酮化合物的KSα 基因的氨基酸序列相似性较低,并且除在不同Ⅱ型聚酮结构类型对应的KSα 基因分支中均有分布外,有些eDNA来源KSα 基因在系统发生树中形成了独立的一个分支.[结论]利用宏基因组学方法可以获得新的KSα 基因,通过新基因与已知KSα 基因的同源比对,可以预测新基因所合成化合物的新颖性,为新化合物的发现奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯治洋	南京农业大学食品科学技术学院	8	9	2.0	3.0
2	计青青	南京农业大学食品科学技术学院	1	0	0.0	0.0