哮喘儿童全表观基因组关联研究

• 作者: 肖楠 张克兴 张北 郑萍 许宁 刘传合 王强
• 来源期刊: 环境与健康杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DNA甲基化 儿童 哮喘 差异DNA甲基化位点 痰 Illumina 850K芯片
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 调查研究
• 页码范围: 126-129,封3
• 页数: 5页
• 分类号: R181.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.16241/j.cnki.1001-5914.2020.02.007

摘要

目的 研究痰液DNA甲基化与儿童哮喘的关联.方法 于2016年9月-2017年11月选择在北京首都儿科研究所就诊并至少在不同季节复诊1次的40名临床确诊的5～14岁哮喘儿童及40名居住北京同一城区的非哮喘儿童,获取同期大气PM2.5和O3浓度及气象因素数据;使用Illumina 850K甲基化芯片检测160个痰液样本的DNA甲基化水平,评估DNA甲基化与哮喘的全表观基因组关联,以ChAMP包进行甲基化数据的质控和标准化,以lmerTest包的线性混合效应模型进行哮喘及PM2.5的全表观基因组关联分析,使用Benjamini-Hochberg方法计算的错误发现率(FDR)校正的P值作为有统计学意义的阈值(FDR＜0.05).结果 哮喘儿童和对照组共发现8315个差异甲基化位点(DMPs),这些位点可以注释到PIK3A PI、GPC6、LRRC3B等基因.KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析最显著的3条通路是轴突导向、ErbB信号通路和黏附连接通路.PM2.5的全表观基因组关联分析显示PM2.5与哮喘相关的CpG位点甲基化水平相关(P＜0.05),但经校正,FDR＞0.05.结论 哮喘儿童痰液DNA甲基化与哮喘发作相关,轴突导向通路对儿童哮喘的发作可能起到重要作用,PM2.5暴露可能会影响这些CpG位点的甲基化水平.