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番茄(Solanum lycopersicum) SlGLR基因家族的生物信息学分析
番茄(Solanum lycopersicum) SlGLR基因家族的生物信息学分析
作者:
凌巧
梁引娣
章月琴
胡燕
郭建夫
钟桂娴
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
番茄(Solanum lycopersicum)
SlGLRs基因家族
SlGLR3.2
生物信息学
摘要:
本研究通过对番茄高质量全基因组序列同源搜索分析,找到番茄中共有13个SlGLRs家族成员.并利用生物信息学方法详细分析了该家族所有成员的基因结构、蛋白结构域、进化关系.结果 显示:番茄SlGLR家族的13个成员均含有5~7个外显子,各个成员都包含IPR001828、IPR001320和IPR001638这三个结构域,整个家族可分为三个亚家族,且SlGLRⅡ亚家族各成员,除了SlGLR2.6以外均成簇分布在6号染色体上.不同激素处理下的表达分析显示该家族不同成员对不同激素处理的响应不同;组织表达分析表明SlGLR3.2在番茄的果实中特异高表达,暗示其在果实发育中可能起着重要作用.为了进一步分析其功能,我们对SlGLR3.2的理化性质、亲水性/疏水性、跨膜区、亚细胞定位、蛋白二级结构进行了详细分析.结果 表明SlGLR3.2为亲水性膜蛋白,含有三个跨膜区,二级结构主要由α-螺旋、延伸链、β-转角、无规则卷曲组成.本研究将为进一步研究番茄SlGLRs基因家族的功能提供参考依据.
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文献信息
篇名
番茄(Solanum lycopersicum) SlGLR基因家族的生物信息学分析
来源期刊
分子植物育种
学科
关键词
番茄(Solanum lycopersicum)
SlGLRs基因家族
SlGLR3.2
生物信息学
年,卷(期)
2020,(6)
所属期刊栏目
基因组学及功能基因
研究方向
页码范围
1770-1777
页数
8页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13271/j.mpb.018.001770
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
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郭建夫
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章月琴
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胡燕
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研究主题发展历程
节点文献
番茄(Solanum lycopersicum)
SlGLRs基因家族
SlGLR3.2
生物信息学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
分子植物育种
主办单位:
海南省生物工程协会
出版周期:
半月刊
ISSN:
1672-416X
CN:
46-1068/S
开本:
大16开
出版地:
海南省海口市海秀大道128号双岛公寓13B室
邮发代号:
84-23
创刊时间:
2003
语种:
chi
出版文献量(篇)
7272
总下载数(次)
34
总被引数(次)
42737
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