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西安交通大学学报(医学版)期刊
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食管鳞癌放射敏感性及预后的基因组学预测分析:基于生物信息学分析的证据
食管鳞癌放射敏感性及预后的基因组学预测分析:基于生物信息学分析的证据
作者:
孙宇晨
师小博
张晓智
车少敏
龚拓拓
原文服务方:
西安交通大学学报(医学版)
食管鳞状细胞癌
放射敏感性
生物信息学分析
预后
摘要:
目的 探寻影响食管鳞状细胞癌放射敏感性及预后的关键基因,从基因组学水平揭示食管鳞状细胞癌放射治疗差异的相关因素.方法 从基因芯片公共数据库Gene Expression Omnibus(GEO)中下载食管鳞癌接受放射治疗的相关芯片数据(GSE45670),采用limma程序包鉴定放射治疗病理学完全反应(pathological complete response,pCR)组和无反应(not pathological complete response,npCR)组基因的差异倍数,利用GSEA分析技术筛选并富集放射敏感性相关基因.从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库中下载食管鳞癌的基因表达谱数据和临床资料,采用edgeR程序包鉴定肿瘤组织和正常组织间的差异基因.综合分析2个数据库,利用STRING数据库构建蛋白互作网络,并基于核心基因表达水平的高低分析患者的预后数据.结果 GSEA表明GSE45670中放射治疗pCR和npCR组基因主要在细胞周期、DNA复制等生物学特征差异具有统计学意义(名义P值<0.05且错误发现率FDR<0.25),共鉴定出70个放射敏感性相关基因;edgeR分析,TCGA中食管鳞癌与正常组织间共筛选出4855个差异基因.综合两者及STRING数据库,共有46个基因与食管鳞癌发生及放射敏感性均相关,可以作为候选基因.进一步生存分析表明,PRIM1、PRKDC在肿瘤组织中和pCR组均高表达,且预后较好(P<0.05).结论 综合GEO和TCGA数据库,46个基因与食管鳞癌的发生及放射敏感性有关,26个基因可为核心基因,其中PRKDC、PRIM1在pCR组高表达且与预后良好相关.
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文献信息
篇名
食管鳞癌放射敏感性及预后的基因组学预测分析:基于生物信息学分析的证据
来源期刊
西安交通大学学报(医学版)
学科
关键词
食管鳞状细胞癌
放射敏感性
生物信息学分析
预后
年,卷(期)
2020,(5)
所属期刊栏目
专题研究
研究方向
页码范围
651-658
页数
8页
分类号
R735.1
字数
语种
中文
DOI
10.7652/jdyxb202005004
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
张晓智
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
74
340
11.0
15.0
2
车少敏
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
30
165
6.0
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3
孙宇晨
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
5
0
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龚拓拓
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
2
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师小博
西安交通大学第一附属医院肿瘤放疗科
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研究主题发展历程
节点文献
食管鳞状细胞癌
放射敏感性
生物信息学分析
预后
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
西安交通大学学报(医学版)
主办单位:
西安交通大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1671-8259
CN:
61-1399/R
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1937-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
4401
总下载数(次)
0
总被引数(次)
26571
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