化州柚与柚的转录组比较及黄酮生物合成差异表达基因分析

• 作者: 周代营 周国洪 夏黎 林励 梁永枢 颜仁梁
• 来源期刊: 华南师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 化州柚 柚 转录组 黄酮 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 生物学与生物工程
• 页码范围: 71-78
• 页数: 8页
• 分类号: R282.6
• 字数: 4017字
• 语种: 中文
• DOI: 10.6054/j.jscnun.2020063

摘要

为获得化州柚和柚的转录组数据及黄酮类成分生物合成相关的差异表达基因,采集化州柚和柚的嫩叶样本作为受试材料,采用高通量二代测序技术进行转录组测序,并运用Nr、Swiss-Prot、KOG、KEGG等网络数据库进行转录组中表达基因功能的生物信息学分析,共组装得到116202个单基因(Unigene),注释了68923个单基因(59.31％),柚转录组中表达基因有94798个,化州柚中表达基因107196个,化州柚与柚的转录组差异表达基因共6419个.结果表明:化州柚相对于柚上调基因有3799个,占差异表达基因的59.18％,下调基因2620个,占40.82％.通过与KEGG数据库进行比对,共获得771个基因功能注释,涉及125条代谢通路,找到9个与类黄酮、黄酮和黄酮醇生物合成相关基因,为化州柚和柚的化学成分差异分子基础研究奠定了基因数据基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林励		198	1958	23.0	32.0
2	颜仁梁		42	143	6.0	10.0
3	夏黎		30	62	4.0	6.0
4	周代营		15	17	2.0	3.0
5	梁永枢		16	42	3.0	6.0
6	周国洪		10	13	2.0	3.0