基于KASP技术的小麦条锈菌SNP分子标记开发与评价

• 作者: 姜舒畅 孟岩 康振生 杨彩柏 詹刚明 黄丽丽
• 来源期刊: 植物保护学报
• 关键词: 小麦条锈菌 SNP分子标记 SSR分子标记 KASP技术
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 65-73
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13802/j.cnki.zwbhxb.2020.2019047

摘要

为开发用于小麦条锈菌Puccinia striiformis f.sp.tritici群体遗传研究的竞争性等位基因特异性PCR-单核苷酸多态性(kompetitive allele specific PCR-single nucleotide polymorphism,KASP-SNP)标记,以中国小麦条锈菌流行小种CYR32的基因组为参考,与美国小麦条锈菌流行小种PST78和印度小麦条锈菌流行小种38S102的基因组进行比对,根据比对到的SNP位点设计KASP-SNP引物,用64个中国小麦条锈菌标样对其进行筛选,同时用13对多态性引物组成的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记分析这64个标样,并利用Powermarker 3.25和Structure 2.3软件通过多态性指数和群体遗传结构分析来评价KASP-SNP和SSR两种分子标记.结果 显示,共比对到29 929个SNP位点,设计出462对KASP-SNP引物,经64个中国小麦条锈菌标样筛选到43对多态性较好的引物,所开发的这43对KASP-SNP引物多态性信息含量指数平均为0.346,基因多样性指数平均为0.420,而SSR引物的2种指数分别为0.237和0.265,前者较后者分别高出46.0％和58.5％.2种标记结果的群体遗传结构分析可得到类似结果,最佳聚类数K值都为4,云南菌系是遗传结构相对最简单的菌系,湖北菌系是遗传结构相对最复杂的菌系,但个别菌株的遗传划分存在较大差异.表明本研究开发的KASP-SNP分子标记多态性较SSR分子标记更加丰富,具有较好的应用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康振生	西北农林科技大学植物保护学院	142	2538	28.0	45.0
2	黄丽丽	西北农林科技大学植物保护学院	152	1965	27.0	36.0
3	孟岩	西北农林科技大学植物保护学院	2	0	0.0	0.0
4	杨彩柏	西北农林科技大学植物保护学院	1	0	0.0	0.0
5	姜舒畅	西北农林科技大学植物保护学院	1	0	0.0	0.0