前列腺癌对多西他赛耐药相关基因的生物信息学分析

• 作者: 徐勇 汤乘 瞿根义 聂海波 阳光 黄文琳
• 来源期刊: 临床泌尿外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 前列腺癌 多西他赛 耐药 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 论著-临床研究
• 页码范围: 510-515
• 页数: 6页
• 分类号: R737.25
• 语种: 中文
• DOI: 10.13201/j.issn.1001-1420.2020.07.002

摘要

目的:利用生物信息学分析前列腺癌(prostatecancer,PCa)对多西他赛耐药基因表达谱芯片,寻找PCa对多西他赛耐药发生的关键基因.方法:从GEO数据库下载PCa对多西他赛耐药基因芯片数据GSE33455,其中包括2个对多西他赛敏感和2个对多西他赛耐药的细胞系,利用R软件及affy、limma、ggplot2等R软件包进行差异表达基因筛选,结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能通路富集分析和调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行Hub基因筛选.通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,获取关键基因.结果:共筛选出PCa对多西他赛耐药差异表达基因193个,其中表达上调基因24个,表达下调基因169个,对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Ge-nomes,KEGG)通路富集分析,利用STRING在线生物信息学工具构建PPI网络,使用Cytoscape软件中的Cyto-hubba获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是CDH1、EPCAM、CLDN7、ESRP1、GRHL2、RAB25、PRSS8、IL6、CXCL8、GATA3.通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,最终获得有差异的4个关键基因,分别是EPCAM、CLDN7、PRSS8、IL6.结论:应用生物信息学能有效分析基因芯片数据,获取PCa对多西他赛耐药的关键基因,为PCa的治疗提供新的思路.