高粱硬脂酰-ACP脱氢酶基因(SbSAD)家族鉴定及不同发育阶段表达分析

• 作者: 丁冬 刘梦 张今杰 徐晶宇 盖胜男 许晓萱 赵训超 邵文静 魏玉磊
• 来源期刊: 作物杂志
• 关键词: 高粱 硬脂酰-ACP脱氢酶 生物信息学 基因家族
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 20-27
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16035/j.issn.1001-7283.2020.02.004

摘要

硬脂酰-ACP脱氢酶是形成不饱和脂肪酸的关键酶.利用拟南芥蛋白序列作为比对序列在NCBI和Phytozome数据库进行Blastp同源比对,共鉴定11个SbSADs基因.对SbSAD基因家族进行蛋白特性、进化关系、不同发育阶段表达、基因结构、保守基序、染色体定位、基因二级和三级结构、启动子区的顺式元件及种子发育阶段表达分析,结果显示,SbSADs基因编码区为1 134～1 290bp,其编码蛋白的氨基酸数为377～449,分子量最大为48.0kDa,最小为39.8kDa,等电点为5.26～8.76;根据系统发育树,将SbSAD基因家族分为3个亚族,其中亚族Ⅰ在不同组织发育阶段表达量较高;11个SbSADs基因不均等地定位在高粱1、2、3、4、6、7和10号染色体上;SbSADs蛋白二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构预测显示,除SbSAD8外,其余SbSADs的蛋白三级结构高度相似;11个SbSADs基因的启动子区与低温胁迫相关的元件数量高度富集.SbSAD5基因在种子发育5和10d均有较高的表达量.