肝细胞癌自噬相关长链非编码RNA预后模型的建立与分析

• 作者: 李靖华 杨季红 程树杰 赵继森 陈圣
• 来源期刊: 中国普通外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌,肝细胞 RNA,长链非编码 自噬 预后
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 839-848
• 页数: 10页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.7659/j.issn.1005-6947.2020.07.008

摘要

背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差.自噬的失调可以促进HCC的发生与进展,本研究旨在分析自噬相关长链非编码RNA(lncRNA)在HCC患者中的潜在预后作用,并构建自噬相关lncRNA风险预测模型.方法:利用生物信息学方法分析TCGA数据库中374例HCC及50例正常对照样本的转录组数据及临床资料,从HADb网站获取自噬基因列表.采用Person相关性分析筛选与自噬基因相关的lncRNA,采用R软件caret程序包将筛选后的342例HCC样本按70％与30％的比例随机分为训练集及验证集,在训练集中采用Kaplan-Meier法及单因素Cox回归分析筛选出具有预后意义的lncRNA,随后采用多因素Cox回归分析筛选具有独立预后意义的自噬相关lncRNA,建立构建预后模型.使用多因素Cox回归系数计算风险评分,将患者分为低风险组和高风险组,分析算风险评分与HCC患者临床特征及总体生存的关系,并使用验证集加以验证.结果:347个lncRNA鉴定为自噬相关lncRNA(|R2|＞0.3,P＜0.001),其中26个lncRNA对HCC患者具有预后价值(均P＜0.05).多因素Cox回归分析得到基于12个自噬相关lncRNA(CYTOR、DANCR、LINC01138、LUCAT1、MAPKAPK5-AS1、NRAV、NRSN2-AS1、LINC01871、LINC00864、LINC02362、TMEM220-AS1和PSMB8-AS1)的预测患者预后的风险模型.高风险组HCC患者总生存期明显低于低风险组HCC患者(P＜0.05).12-自噬相关lncRNA预后模型评分与肿瘤分级、肿瘤分期和T分期有关(均P＜0.05),与患者的年龄、性别无明显关系(均P＞0.05).在训练集中该预后模型的1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的曲线下面积(AUC)分别为0.801, 0.819和0.787,在验证集中其1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的AUC分别为0.694、0.733和0.746.结论:所筛选的自噬相关lncRNA在HCC的肿瘤生物学中可能起关键作用,12-自噬相关lncRNA的模型对HCC具有预后判断价值.