阳春砂叶绿体全基因组解析及系统发育研究

• 作者: 卢丙越 孟衡玲 张薇 雷恩 马孟莉
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 姜科 阳春砂 叶绿体基因组 系统发育
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 978-986
• 页数: 9页
• 分类号: Q346+.5|Q789
• 字数: 5862字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2020.06.0978

摘要

以姜科(Zingiberaceae)豆蔻属(Amomum Roxb.)阳春砂(Amomum villosum)为试材,利用Illumina Hiseq4000测序平台对阳春砂叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,以揭示阳春砂与其他姜科植物的进化关系及其在系统发育中的地位,为豆蔻属植物的物种鉴定提供理论依据.结果 表明:(1)阳春砂叶绿体基因组全长164 069 bp,GC含量为36.1％,包括1对29 959 bp的反向重复区(IR)、一个大单拷贝区(LSC;88 798 bp)和一个小单拷贝区(SSC;15 353 bp);共注释得到133个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和87个蛋白编码基因.(2)在阳春砂基因组中共检测到157个SSR位点,大部分SSR均由A和T组成;豆蔻属物种在基因组大小、IR边界区高度保守,核酸变异主要发生在LSC和SSC区.(3)最大似然法(Maximum Likelihood,ML)聚类分析显示,阳春砂与同属的爪哇白豆蔻(Amomum compactum)和白豆蔻(Amomum kravanh)亲缘关系最近,并且与山姜属(Alpinia Roxb.)也有较近的亲缘关系.