前肛鳗线粒体基因组结构特征与系统发育关系研究

• 作者: 王思格 刘玉萍 朱子妍 汪雨柯 杨天燕 浙江海洋大学水产学院
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 前肛鳗 线粒体基因组 结构特征 系统发育分析
• 年，卷（期）: 2024,（9）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术与遗传育种
• 页码范围: 20-32
• 页数: 13页
• 语种: 中文

摘要

【目的】分析前肛鳗线粒体基因组结构特征与系统发育关系，为前肛鳗的分类鉴定及种质资源现状评估提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术获得前肛鳗线粒体基因组序列，分析其基因组成和结构特征，结合GenBank已公布的近缘种鱼类线粒体基因组序列，基于蛋白编码基因(PCGs)序列相似性使用最大似然法构建系统发育进化树，分析该鱼类在鳗鲡目中的亲缘关系及进化地位。【结果】前肛鳗线粒体基因组序列全长16690 bp，包含13个PCGs、22个tRNA、2个rRNA(12S rRNA和16S rRNA)及2个非编码区(D-loop和OL)，碱基组成具有明显的A/T偏好性和反G偏倚，其中D-loop区AT含量最高(65.56%)。ATG是PCGs中最常见的起始密码子，6个基因以不完全密码子T-和TA-作为终止密码子。22个tRNA中仅tRNA-Ser~((AGN))因缺失二氢尿嘧啶臂无法折叠成典型的三叶草形，且在t RNA-Leu~((UUR))中识别到与哺乳动物线粒体转录终止因子(m TERF)结合位点高度相似的基序5’-TGGCAGAGCCTGG-3’。12S rRNA和16S rRNA的二级结构均由多茎环组成，且后者较前者更复杂。16S rRNA的结构域Ⅳ中存在与原核生物23S rRNA肽基转移酶中心(PTC)同源的保守多分支环(CML)。D-loop区中识别了扩展终止序列区(ETAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。基于PCGs序列相似性构建的系统发育进化树显示，前肛鳗与寄生鳗、软泥鳗和考柯氏合鳃鳗的亲缘关系较近。【结论】前肛鳗线粒体基因组结构与大多数硬骨鱼类相似，长度介于鳗鲡目鱼类线粒体基因组长度范围之间，系统发育分析结果支持将前肛鳗归为合鳃鳗科前肛鳗属的分类地位。