紫叶风箱果叶绿体基因组特征及绣线菊亚科系统发育分析

• 作者: 黄祥 何梦瑶 王子煊 楚光明 江萍
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 紫叶风箱果 叶绿体基因组 密码子使用偏好 系统发育
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 页码范围: 161-173
• 页数: 13页
• 语种: 中文

摘要

紫叶风箱果是我国近年来从北美引入的观赏性花灌木。为了明确紫叶风箱果叶绿体基因组结构特征，阐明紫叶风箱果在绣线菊亚科中的分类地位，使用Illumina NovaSeq 6000测序平台对其叶绿体基因组进行测序，并组装、注释到了其完整叶绿体基因组。结果表明：紫叶风箱果叶绿体基因组呈典型的双链环状四分体结构，全长为159131 bp，大单拷贝区（large single copy,LSC）长87582 bp、小单拷贝区（small single copy,SSC）长18829 bp、反向重复区a(inverted repeats a,IRa)和反向重复区b(inverted repeats b,IRb)长26360 bp；共注释到130个基因，包含83个蛋白编码基因，8个核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)基因，37个转运RNA(transfer RNA,tRNA)基因和2个假基因。共确定12个最优密码子（UUG、AUU、GUU、GUA、UAA、AAA、UCU、UCC、CCU、ACU、GCU、GGU）；密码子使用偏好性主要受自然选择影响，突变等因素对其影响较弱。共有27对长序列重复，87个简单重复序列标记（simple sequence repeat,SSR）位点；psbZ、trnG(UCC)、trnfM(CAU)、trnH(GUG)、psbA、rbcL、rpl20、rps12是紫叶风箱果叶绿体基因组中高核苷酸多态性的基因。系统发育结果表明，风箱果属和绣线梅属的物种亲缘关系较近。