基于生物信息学分析肾透明细胞癌组织中差异过表达miRNAs及其临床意义

• 作者: 张霞军 胡孟谋 袁红萍 储磊 曾明辉
• 来源期刊: 生物技术
• 关键词: 肾透明细胞癌 微小RNA GO分析 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 技术与方法|Technique and Method
• 页码范围: 457-464
• 页数: 8页
• 分类号: R737.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2020.05.0073

摘要

[目的]基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌表达芯片中共同过表达的miRNAs,并对其下游靶基因进行GOPathway、分子功能等预测,结合正常本底表达及患者生存分析,最终发现可作为肾透明细胞癌生物标记物的新miR-NA.[方法]利用dbDEMC 2.0人类癌症相关miRNA数据库、mirPath v.3、Human miRNA tissue atlas、PROGmiRV2等多种生物信息学手段进行肾透明细胞癌中miRNAs的全方位分析.[结果]dbDEMC 2.0数据分析表明相对于正常组织,肾透明细胞癌组织中,分别存在上调miRNA 33个(GSE11016)、48个(GSE12105)和48个(GSE47582).Venny分析得到13个共同上调miRNAs簇,该microRNAs簇仅在肾透明细胞癌、乳腺癌等部分癌种中高表达.mirPath v.3 GO分析进一步显示,下游靶基因可能与脂肪酸代谢、细胞周期、TGF-β信号通路、Hippo信号通路等密切相关.Human miR-NA tissue atlas揭示miR-21-5p、miR-342-3p、miR15a-5p、miR-25-3p和miR-34a-5p等5个miRNAs在正常肾脏组织中显著高表达.生存分析表明只有miR-21-5p和miR-342-3p高表达与预后差显著.[结论]结合多种生物信息学手段发现,与正常组织比较,肾透明细胞癌组织中存在共同过表达miRNA簇且与脂肪酸代谢、细胞周期等信号通路密切相关;其中miR-342-3p由于高表达、预后差且未见报道而极有可能成为肾透明细胞癌新的生物标记物.