闽楠转录组分析及基因功能注释

• 作者: 刘丹 刘斌 曾钦朦 李煜 陈世品
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 闽楠 转录组 基因 功能注释
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 613-622
• 页数: 10页
• 分类号: S792.24
• 字数: 6868字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2020.04.016

摘要

采用第二代Illumina HiSeq测序技术对闽楠的木质部、韧皮部、叶片进行转录组测序,分别获得Clean Reads片段41 383 707条、43 343 922条、44 191 586条,经转录本拼接后得到序列总长度达120 535 288 bp的383 331条Conting片段,进一步组装得到平均长度为542 bp的151 729条Unigenes.将闽楠转录组Unigenes进行基因功能注释,与NR数据库比对发现,其与葡萄的相似序列最多(34％),与黄瓜、野草莓、大豆的同源性较低(各占3％);进行GO功能注释,可将其划分为生物过程、细胞成分、分子功能3大类共计52个分支,与eggNOG数据库比对可分为25类,通过KEGG功能注释可知转录组中涉及的基因共参与了176条代谢通路,其中核糖体和碳代谢获得的注释较多.另外通过MISA软件分析,共获得35972个SSR位点.其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为21762(60.50％),8931(24.83％),4924(13.69％).闽楠转录组分析及基因功能注释为深入开展闽楠遗传育种及分子生物学相关研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈世品	福建农林大学林学院	138	1122	18.0	28.0
2	刘斌	福建农林大学林学院	66	209	7.0	11.0
3	李煜	福建农林大学林学院	8	23	4.0	4.0
4	刘丹	福建农林大学林学院	14	46	4.0	6.0
5	曾钦朦	福建农林大学林学院	11	11	2.0	2.0