芒果果实转录组数据组装及基因功能注释

• 作者: 姚全胜 武红霞 王松标 罗纯 詹儒林 许文天 马小卫
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芒果 转录组 功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 2191-2198
• 页数: 8页
• 分类号: S682.2
• 字数: 5082字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2016.11.025

摘要

以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450).对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阚值小于105的序列中共有42 515(78.43％)个unigenes被注释到公共蛋白数据库.其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等.本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础.