利用WGCNA鉴定甘蓝型油菜低温胁迫的基因共表达网络

• 作者: 左凯峰 徐宇 徐爱遐 李浩东 秦梦凡 郭娜 黄镇
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝型油菜 冷驯化 冷休克 加权基因共表达网络
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 非生物胁迫
• 页码范围: 554-562
• 页数: 9页
• 分类号: S565.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.19802/j.issn.1007-9084.2020152

摘要

为了解甘蓝型油菜受低温胁迫时的共表达网络,运用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expres-sion network analysis,WGCNA)方法,利用2个抗冻响应有差别的甘蓝型油菜材料HX17和HX58不同低温处理的36个RNA-seq数据,通过过滤低表达基因,筛选表达水平变异最大的前15000个基因用于WGCNA分析,共鉴定到16个基因共表达模块.结合转录因子预测、冷相关基因预测、模块基因的gene ontology(GO)富集及表达分析,确定了brown模块为响应冻害胁迫的共同模块、pink模块为HX17耐寒特异性模块,并构建了基因共表达网络,为油菜抗寒/抗冻机制研究提供新的依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐爱遐		17	82	5.0	8.0
2	黄镇		13	50	4.0	6.0
3	李浩东		3	7	1.0	2.0
4	秦梦凡		1	0	0.0	0.0
5	左凯峰		1	0	0.0	0.0
6	郭娜		1	0	0.0	0.0
7	徐宇		1	0	0.0	0.0