基于表达谱芯片数据的小鼠高脂响应基因挖掘

• 作者: 周宇荀 崔茂生 李凯 段维旺 汤晨 王茂春 肖君华 赵莹
• 来源期刊: 东华大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 高脂 差异表达基因 富集分析 生物信息学 脂代谢
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 化学化工与生物工程
• 页码范围: 589-594
• 页数: 6页
• 分类号: Q38
• 语种: 中文

摘要

为进一步挖掘小鼠高脂响应基因并阐明其分子机制,采用生物信息学方法分析正常和高脂诱导小鼠肝脏的基因表达谱芯片,鉴定出82个与小鼠高脂响应相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).对DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)分析,结果显示这些DEGs主要参与了胆固醇运输、类固醇生物合成和脂质稳态等生物学过程.京都百科全书基因和基因组(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析结果表明,DEGs主要和系统性红斑狼疮、类固醇激素生物合成、胆固醇代谢等通路有关.对DEGs构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过cytoHubba计算得到Pcsk9、Lpl、Cd68、Saa3、Lgals3、Cxcl9、Orm2、Abcg5、H2-Ab1、Lyz2、Anxa5、Anxa2等12个关键基因(hub genes),其中,Pcsk9、Lpl、Abcg5为已报道的血脂代谢相关基因,其余9个为新发现的小鼠高脂响应基因.研究结果将有助于阐明小鼠高脂响应基因的机制,为血脂代谢相关分子机制研究提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖君华		58	137	7.0	9.0
2	李凯		58	122	6.0	9.0
3	周宇荀		53	102	6.0	9.0
4	王茂春		6	0	0.0	0.0
5	段维旺		2	0	0.0	0.0
6	崔茂生		1	0	0.0	0.0
7	汤晨		1	0	0.0	0.0
8	赵莹		1	0	0.0	0.0