长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因SNPs鉴定及其与蛋壳品质的关联性

• 作者: 吴磊 张依裕 李杰章 罗华伦 覃媛钰 谭光辉
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 长顺绿壳蛋鸡 蛋壳基质蛋白基因(OCX-32) SNP鉴定 生物信息学 蛋壳品质
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 465-474
• 页数: 10页
• 分类号: S831.2
• 字数: 6374字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.03.009

摘要

蛋壳基质蛋白卵黄蛋白原-32基因(ovocalyxin-32,OCX-32)是影响蛋壳矿化的一种特异性基质蛋白.为了探讨蛋壳基质蛋白OCX-32基因变异对鸡蛋壳品质的遗传效应,本研究以长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus)为素材,测定其蛋壳品质,采用PCR产物纯化直接测序法对OCX-32基因进行SNPs筛查,分析其对蛋壳品质的影响.结果表明,在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个中度多态的SNPs位点,分别位于内含子1的g.22592362 C>T突变、外显子6的g.22599114 C>T错义突变(苏氨酸变为甲硫氨酸)和g.22599127 G>A同义突变,均产生3种基因型;g.22599114 C>T和g.22599127 G>A突变位点的基因型分布均偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05).3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和10种双倍型.生物信息学分析发现,g.22599114 C>T和g.22599127 G>A突变可引起mRNA自由能和蛋白结构的变化,CG组合的自由能为-338.90 kcal/mol,CA为-339.00 kcal/mol,TA为-338.40 kcal/mol;蛋白序列中的苏氨酸变为甲硫氨酸后,α螺旋由39.27％变为40.00％,自由卷曲由41.09％变为40.36％.关联性分析结果显示,3个SNPs位点分别对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响未达到显著水平(P>0.05);双倍型H3H4个体的蛋形指数显著高于双倍型H2H3(P<0.05);双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他9种单倍型(P<0.05),蛋壳厚度显著高于H2H4和H1H1(P<0.05);双倍型H1H2的蛋壳重显著高于双倍型H1H1和H2H4(P<0.05),综合各双倍型各指标之间的差异,双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳厚度的关键双倍型.研究结果揭示OCX-32基因变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,所检测到的3个SNPs位点可能作为鸡蛋壳品质选择的遗传标记,为深入研究长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质提供数据参考和理论支持.