三穗鸭ITPR1基因SNPs鉴定及其与蛋壳品质性状的关联性

• 作者: 吴磊 张依裕 李杰章 覃媛钰 谭光辉
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 1,4,5-三磷酸肌醇受体1基因(ITPR1) SNP鉴定 蛋壳品质 三穗鸭
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 455-464
• 页数: 10页
• 分类号: S834
• 字数: 5192字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.03.008

摘要

1,4,5-三磷酸肌醇受体1(inositol 1,4,5-trisphosphate receptor 1,ITPR1)是细胞内Ca2+释放通道蛋白,通过调控蛋壳腺钙离子的转运和释放而影响家禽的蛋壳矿化和蛋壳品质.本研究采用PCR产物直接测序法和序列比对技术对186只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)ITPR1基因的遗传变异位点进行鉴定,分析SNP变异位点与蛋壳品质相关性.结果表明,在三穗鸭ITPR1基因功能结构域及部分内含子中共检测到14个SNPs突变位点,分别在第8内含子检测到g.46455T>C、g.46459C>A、g.46564A>G、g.46581A>T和g.46649T>G共5个突变位点,第15内含子检测到g.55537A>G、g.55610T>C、g.55620G>T、g.55664A>G、g.55680C>T和g.55709T>G共6个突变位点,第30内含子检测到g.72601T>G和g.72843A>G共2个突变位点,第42外显子检测出1个同义突变位点g.124036C>T;14个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点;卡方适应性检验结果显示,14个突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);连锁不平衡分析显示,g.46455T>C、g.46459C>A、g.46564A>G、g.46581A>T和g.46649T>G各位点两两之间存在强连锁不平衡,g.46581A>T、g.55537A>G、g.55620G>T、g.55664A>G、g.55680C>T和g.55709T>G各位点两两之间存在强连锁不平衡,g.72601T>G与g.72843A>G位点间存在强连锁不平衡;14个SNP位点共发现13种单倍型,H2(CAGTGACTGTGGGC)和H11(TCAATGCGAC)分别为优势单倍型和劣势单倍型,频率分别为0.131和0.060;关联性分析表明,除g.72843A>G位点外,其余13个SNPs与三穗鸭蛋壳厚度显著关联(P<0.05);g.46581A>T位点与蛋形指数显著关联(P<0.05);除g.55610T>C、g.55664A>G、g.72601T>G和g.72843A>G位点外,其余10个位点与蛋重均显著关联(P<0.05);g.46459C>A、g.55664A>G和g.124036C>T位点与蛋壳重显著关联(P<0.05);除g.124036C>T位点外,其余13个位点均与蛋壳强度显著关联(P<0.05).综上所述,三穗鸭ITPR1基因主要功能结构域的DNA序列较保守,而内含子遗传变异丰富,且发现的14个SNPs至少与2个蛋壳品质指标显著关联,表明ITPR1基因的遗传变异可能影响鸭的蛋壳品质,可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记.