三穗鸭ITPR2基因组织表达、功能预测及其SNPs对蛋壳品质的影响

• 作者: 吴磊 张依裕 李杰章 覃媛钰 谭光辉
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 三穗鸭 1,4,5-三磷酸肌醇Ⅱ型受体基因(ITPR2) 组织表达 蛋白功能预测 SNP 蛋壳品质
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 720-730
• 页数: 11页
• 分类号: S834.89
• 字数: 6682字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.04.014

摘要

1,4,5-三磷酸肌醇Ⅱ型受体(inositol 1,4,5-trisphosphate receptor typeⅡ,ITPR2)是钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响蛋壳品质.本研究以贵州三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为研究对象,利用qRT-PCR检测ITPR2基因的组织表达,将PCR纯化直接测序法结合DNAStar筛查鉴定蛋白结构域的SNP位点,运用一般线性模型分析SNP位点对蛋壳品质的遗传效应.结果显示,三穗鸭ITPR2基因在11个组织中均有表达,表达量依次为胰腺>蛋壳腺>腺胃>肾>胸肌>脾>小肠>肺>肝>心脏>肌胃,且胰腺和蛋壳腺表达量极显著高于其他组织(P<0.01).三穗鸭ITPR2基因外显子16、内含子14和内含子37共检测到3个中度多态(0.25<PIC<0.50)变异位点,其中g.128767757 A>G与g.128659402 G>T、g.128662092 C>T之间存在强连锁不平衡;g.128659402 G>T和g.128767757 A>G突变位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05).关联分析显示,第16外显子突变位点g.128662092 C>T影响蛋壳品质,其TT基因型显著增加蛋壳强度(P<0.05);3个SNPs联合产生4种单倍型和10种双倍型,H4为优势单倍型,H2H4为优势双倍型;组合基因型对蛋壳品质具有不同程度影响,其中H1H1和H1H2显著提高蛋壳品质强度(P<0.05).ITPR2蛋白功能预测结果显示,该基因编码蛋白包含2647个氨基酸,属于非可溶性、不稳定蛋白;存在6个N-糖基化位点,其二、三级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.本研究结果提示,三穗鸭ITPR2基因g.128662092 C>T突变位点CT基因型有利于提高蛋壳强度;3个SNP位点相互联合能显著蛋壳品质,可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记.