马体尺性状的全基因组关联分析

• 作者: 刘武军 刘玲玲 吕士鹏 姚新奎 孟军 曹行 王琼
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 体尺性状 运动性能 全基因组关联分析(GWAS)
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1994-2001
• 页数: 8页
• 分类号: S821.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.11.009

摘要

马匹(Equus caballus)体尺性状影响马运动性能,利用新技术研究马体尺性状为马匹运动性能的研究引入新方法.为丰富马体尺性状与运动性能的研究内容,探索间接调控运动性能的基因,本研究利用全基因组关联分析方法(genome-wide association study,GWAS)挖掘影响马体尺性状的遗传标记和功能基因.利用马670 K高密度芯片,对伊犁马、纯血马、俄罗斯速步马、奥尔洛夫马共4个品种157个个体的体尺性状(体高,体长,管围,尻高)及体尺指数(体长率,管围率,胸围率)进行全基因组关联分析.利用Plink1.9软件对SNP位点进行质控,质控后剩余494137个SNP用于后续关联分析.利用Ensembl等数据库进行基因注释和基因功能分析,通过基因组水平的Bonferroni校正,从体高、管围、尻高、胸围率、管围率5个性状中分别检测到3、15、1、1和9个潜在显著关联的SNP(P<9.29E-06),未检测到与体长和体长率显著相关的SNP.结果发现泛素结合酶E2家族的第三亚家族(ubiquitin conjugating enzyme E2 E3,UBE2E3)、光蛋白聚糖(lumican,LUM)基因及其信号通路中下游基因调控马运动性能.本研究为分子标记辅助选择在马育种中的应用提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘武军		75	286	10.0	13.0
2	姚新奎		60	490	13.0	19.0
3	孟军		43	142	7.0	10.0
4	王琼		14	30	3.0	5.0
5	刘玲玲		27	64	5.0	7.0
6	曹行		8	7	1.0	2.0
7	吕士鹏		8	6	1.0	2.0