基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析

• 作者: 徐宁迎 章啸君 罗才玉 蔡薇 郭晓令 项云
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 全基因组关联分析(GWAS) 繁殖性状 单核苷酸多态性(SNP) 金华猪 嵊县花猪
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 52-58
• 页数: 7页
• 分类号: S828.2
• 字数: 3537字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.20190816-06

摘要

本实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)搜寻与金华猪、嵊县花猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)相关的候选基因.选择205头金华猪和174头嵊县花猪为实验材料,通过提取血样DNA并利用Illumina猪50K SNP芯片进行基因型分型,利用PLINK v1.09对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究.采用GEMMA软件中的混合线性模型(MLM)对每个SNP与性状做关联分析,定位出显著位点.结果表明:金华猪的20个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;嵊县花猪的2个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;META分析得到21个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著.最终找到22个候选基因,根据基因功能注释推测NANOS1、E2F7、AEBP2是最可能影响总产仔数和产活仔数的候选基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐宁迎	浙江大学动物科学学院	147	1170	18.0	27.0
2	郭晓令	浙江大学动物科学学院	36	267	9.0	15.0
3	项云		28	106	5.0	10.0
4	章啸君		27	34	4.0	5.0
5	蔡薇	浙江大学动物科学学院	2	0	0.0	0.0
6	罗才玉	浙江大学动物科学学院	1	0	0.0	0.0