水中嗜肺军团菌的纳米孔实时测序快速筛查

• 作者: 林彦锋 李中浤 包仁龙 贾雷立 邱少富 李鹏 宋宏彬 刘雪林 杜昕颖
• 来源期刊: 环境与健康杂志
• 关键词: 宏基因组学 未知病原 纳米孔测序技术 军团菌
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 895-898
• 页数: 4页
• 分类号: R117
• 语种: 中文
• DOI: 10.16241/j.cnki.1001-5914.2020.10.012

摘要

目的 探讨纳米孔实时测序技术快速筛查水中嗜肺军团菌的可行性.方法 使用荧光定量PCR对某单位3件公共场所水样进行军团菌通用引物检测,同时基于MinION纳米孔测序对3件样本提取的核酸混合后进行宏基因组测序,并使用WIMP流程进行序列比对分析.基于测序结果,进一步对3件样本进行嗜肺军团菌特异引物荧光定量PCR检测.结果 荧光定量PCR结果显示,3件样本军团菌检测均为阳性或弱阳性,宏基因组实时测序结果中有4条序列为军团菌属,其中1条序列匹配为嗜肺军团菌,针对嗜肺军团菌的荧光定量PCR进一步确认其中1例样本为嗜肺军团菌弱阳性.结论 纳米孔实时测序在本研究中检测到军团菌相关序列,并进一步明确为嗜肺军团菌,结果与荧光定量PCR一致,有望成为环境样本微生物快速有效的鉴定方法.