基因集富集分析探讨HER2基因对胃癌代谢的影响

• 作者: 刘虎 包楚阳 吴思浛 周守兵 李文娟 金伟
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 癌症基因组图谱 基因集富集分析 人类表皮生长因子受体2 京都基因与基因组百科全书 代谢
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 1339-1342,1349
• 页数: 5页
• 分类号: R735.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2020.09.005

摘要

目的 运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况.方法 下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDRqval) ＜25％和/或名义P值(nom P val) ＜0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性.结果 在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val＜ 25％且nom P val ＜0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val＜0.01).结论 多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘虎	安徽医科大学第一附属医院	37	202	8.0	12.0
2	金伟	安徽医科大学第一附属医院	7	52	4.0	7.0
3	包楚阳	安徽医科大学第一附属医院	4	2	1.0	1.0
4	李文娟	安徽医科大学第一附属医院	2	0	0.0	0.0
5	吴思浛	安徽医科大学第一附属医院	1	0	0.0	0.0
6	周守兵	安徽医科大学第一附属医院	1	0	0.0	0.0