基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨

• 作者: 廖存 廖锡文 韦瑞丽 马辉 黄伟 龚艺贞
• 来源期刊: 结直肠肛门外科
• 关键词: 直肠癌 癌症基因组图谱 全基因组RNA测序 基因集富集分析
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 论著·基础研究
• 页码范围: 422-426
• 页数: 5页
• 分类号: R735.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.19668/j.cnki.issn1674-0491.2019.04.011

摘要

目的 采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法(GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制.方法 从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database (MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集.结果 共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集.在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集.直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关.结论 直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控.