基于TCGA全基因组RNA测序数据集探索结肠腺癌发病机制的研究

• 作者: 廖锡文 王向坤 邓腾 马辉 龚艺贞
• 来源期刊: 结直肠肛门外科
• 关键词: 结肠腺癌 TCGA GSEA
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 论著·基础研究
• 页码范围: 152-155,167
• 页数: 5页
• 分类号: R735.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.19668/j.cnki.issn1674-0491.2019.02.007

摘要

目的 通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(COAD)患者癌组织和癌旁正常结肠组织的全基因组RNA测序数据集进行富集分析(GSEA),探索结肠腺癌发病的相关机制.方法 从TCGA数据库下载COAD相关的RNA测序数据集.以COAD患者癌组织和癌旁正常结肠组织作为分组变量,以"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"和"c5.all.v6.2.symbols.gmt"作为参照基因集,使用GSEA2-2.2.3版进行分析,以|NES|>1、Norminal-P<0.05和错误发现率(FDR)<0.25的富集结果为差异有统计学意义.结果 GSEA的GO分析结果显示COAD患者的癌组织和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制与修复、脂质代谢和离子转运等生物学功能相关;KEGG富集结果显示COAD患者癌和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制、PPAR信号通路、趋化因子信号通路和自噬的调节等代谢通路有关.结论 本研究从全基因组层面在转录水平上初步探索了参与COAD发生的分子机制,可为后续研究提供参考.